A Fazenda de Pederneiras, e depois Povoação de Pederneiras, desligando-se de Botucatu, passou a pertencer ao município de Lençóis, criado por Lei nº 90, de 24/4/1865.
Por Decreto nº22, de 28 de fevereiro de 1889, assinado pelo Presidente de Província, foi a povoação de Pederneiras elevada à categoria de freguesia com o nome de Freguesia de S. Sebastião da Alegria, subordinada ao município de Lençóis.
Elevado à categoria vila com a denominação de São Sebastião da Alegria, por Decreto-lei Estadual nº 174, de 22 de maio de 1891, desmembrado de Lençóis. Constituído do Distrito Sede. Sua instalação verificou-se no dia 1 de julho de 1891.
Tomou a denominação de Pederneiras, por Lei Estadual nº 316, de 25 de maio de 1895.
Cidade por Lei Estadual nº 1038, de 19 de dezembro de 1906.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o Município de Pederneiras é constituído de 3 Distritos: Pederneiras, Iacanga e Soturna.
Lei nº 2026, de 27 de dezembro de 1924, desmembra do Município de Pederneiras os Distritos de Iacanga, Soturna e Batalha.
Lei nº 1890, de 13 de dezembro de 1922, cria o Distrito de Reginópolis (Ex-Batalha) e incorpora ao Município de Pederneiras.
Por Lei nº 2.222, de 13 de dezembro de 1927, foi criada a comarca de Pederneiras, a qual foi instalada em 26 de abril de 1928.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o Município de Pederneiras se compõe do Distrito Sede.
Decreto nº 6459, de 25 de maio de 1934, cria o Distrito de Floresta e incorpora ao Município de Pederneiras.
Decreto-Lei Estadual nº 6716, de 1 de outubro de 1934, cria o Distrito de Guaianás e incorpora ao Município de Pederneiras.
Em divisões territoriais datada de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, bem como no quadro anexo ao Decreto-lei Estadual nº 9073, de 31 de março de 1938, o Município de Pederneiras compreende o único termo judiciário da comarca de Pederneiras e se divide em 3 Distritos: Pederneiras, Floresta e Guaianás.
Pelo Decreto-lei Estadual nº 9775, de 30 de novembro de 1938, o Município de Pederneiras perdeu para o Município de Itapuí o Distrito de Floresta, desfalcado de parte do território; em 1939-1943, o Município de Pederneiras é composto de 3 Distritos: Pederneiras Água Limpa e Guaianás - e é termo da comarca de Pederneiras, formada de 1 único termo, Pederneiras, termo este formado por 3 Municípios: Pederneiras, Bocaiúva e Iacanga.
Em virtude do Decreto-lei Estadual nº 14.334, de 30 de novembro de 1944, que fixou o quadro territorial para vigorar em 1945-1948, o Município de Pederneiras ficou composto dos Distritos de Guaianás e Santelmo, e constitui o único termo judiciário da comarca de Pederneiras, a qual é formada pelos Municípios de Pederneiras, Iacanga e Macatuba.
Aparece nos quadros fixados pelas Leis números 233, de 24-XII-1948 e 2456, de 30-XII-1953 para vigorar, respectivamente, nos períodos 1949-1953 e 1954-1958, composto dos Distritos de Pederneiras, Guaianás, Vanglória e Santelmo (Ex-Águas Limpas).
Em divisão territorial datada de 01-VII-1960, o município é constituído de 4 Distritos: Pederneiras, Guaianás, Santelmo e Vanglória.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 15-VII-1999.
Pederneiras ficou pertencendo à comarca de:
Lençóis – 1889
Jaú – 1895
Pederneiras – 1928
A comarca de Pederneiras consta atualmente do seguinte município:
Macatuba
Advogados de destaque na década de 50:
Alguns juízes que passaram pela comarca :
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Dr. José Augusto de Lima – 1º Juiz da Comarca de Pederneiras
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Dr. Manoel de Oliveira Andrade Filho
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Dr. José Teixeira Pombo
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Dr. Augusto Galvão Vaz Cerquinho
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Dr. Marzagão Barbuto
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Dr. Pedro Paes Filho
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Dr. Paulo Martins de Carvalho Filho
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Dr. Otávio Helene Junior
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Dr. Sydnei Celso de Oliveira
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Dr. Alípio Roberto Figueiredo Cara
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Dr. José Roberto Spoldari
Alguns promotores que passaram pela comarca:
Primeiro Promotor Público da cidade de Pederneiras, Dr. Carlos nasceu em Novo Horizonte, SP, em 9 de dezembro de 1907. Bacharelou-se em Direito pela Faculdade do Largo de São Francisco em 1929, na turma do centenário dos cursos jurídicos. Foi promotor público por pouco tempo, dedicou-se depois à advocacia e à atividade política, sua grande vocação. Foi deputado suplente da Assembléia Nacional Constituinte de 1933; participou do Congresso de Direito Social reunido em São Paulo em 1941; do Congresso de Ministério Público, onde foi membro da Comissão de Direito Penal, em 1942 em São Paulo, e participou da III Reunião de Consulta dos Ministros das Relações Exteriores das Repúblicas Americana, como observador do Instituto de Advogados Brasileiros. Foi membro do Conselho Superior do Instituto de Advogados Brasileiros desde 1940, sucessivamente reeleito. Representou o Brasil nas Conferências Interamericanas de Washington, em 1942 no Rio de Janeiro, 1943, e no México em 1944, participou das Comissões de Problemas de Após-Guerra, Direito Administrativo e Propriedade de Intelectual. Foi vice-presidente da Federação Interamericana de Advogados - Inter American Bar Association, membro da Sociedade Brasileira de Direito Internacional e da American Society of International Law e membro do Conselho da Ordem Seção da Guanabara, homenagem especial que lhe foi conferida, pois não tinha inscrição principal.
Foi eleito deputado federal por São Paulo em 1950. Presidiu a Comissão de Constituição de Diplomacia e Tratados. Em dado momento foi classificado pelos repórteres e comentaristas políticos como um dos dez melhores deputados da legislatura então em curso, tal a dedicação e eficiência demonstrada na atividade parlamentar. O Congresso Nacional em quatro vezes se fez representar por Castilho Cabral em Conferências Interparlamentares Mundiais. Em duas como membro da delegação Istambul 1951, e Berna em 1952. Nas outras duas foi o chefe da delegação brasileira em Londres em 1957, e no Rio de Janeiro em 1958. Foi secretário do Trabalho Indústria e Comércio de São Paulo em 1955, e em 1961 exerceu a presidência da Caixa Econômica. Agricultor, foi membro da Diretoria da Federação das Associações Rurais do Estado de São Paulo, no triênio 1958 a 1961. Na campanha Presidencial de 1959-60 chefiou o MPJQ. Como escritor, publicou um livro de interesse histórico sobre a Revolução de 1964, da qual participou como capitão dos Batalhões Patrióticos Ataliba Leonel. Como jurista, publicou, entre outros, "Terras Devolutas e Prescrição". Finalmente, "Tempos de Janio e Outros Tempos", história da política em São Paulo e no Brasil, abrangeu longo período de sua vida. Participou em 1970 da IV Conferência Nacional na OAB. Faleceu em 19 de outubro de 1971.